Những cuộc bách hại ban đầu

Khi hoà ước được ký kết, Diocletianus và Galerius trở về Antioch ở Syria.[132] Khoảng năm 299, hai Hoàng đế tham gia trong lễ cúng tế và bói toán để dự đoán tương lai. Những thầy bói auspex không thể xem xét bộ lòng của những con vật giết để tế lễ, và đổ tội cho người Ki-tô giáo trong gia đình Hoàng đế. Các Hoàng đế truyền lệnh cho mọi quan viên phải làm lễ tế thần để "tẩy uế" cho cung điện. Hai Hoàng đế gửi thư cho giới chỉ huy quân sự, yêu cầu toàn bộ quân đội hoặc là tổ chức những lễ cúng tế mà hai ông đã đề ra hoặc là bị sa thải.[133] Diocletianus chủ trương bảo thủ về vấn đề tôn giáo, trung kiên với tôn giáo cổ truyền La Mã và am hiểu những yêu cầu thanh trừng tôn giáo,[134] nhưng Eusebius, Lactantius và Constantinus I cho rằng chính Galerius, chứ không phải Diocletianus, mới là người chủ trương thanh trường dữ dội nhất, và là người hưởng lợi lớn nhất từ cuộc thanh trừng.[135] Galerius, thậm chí còn tận tâm và nhiệt huyết hơn Diocletianus, nhận thấy lợi ích chính trị ẩn trong chính sách bách hại. Ông sẵn sàng tuyệt giao với một chính quyền chủ trương bị động về vấn đề này.[136]

Trong các năm 299-302, Diocletianus thường cư trú tại Antioch, trong khi Galerius dời đến những vùng đất mà trước kia Diocletianus trú tại khu vực trung và hạ lưu sông Danube.[137] Ông đã viếng thăm Ai Cập một lần nữa, vào mùa đông năm 301-2, và đã tiến hành một đợt phát chẩn thóc lúa ở Alexandria.[136] Tiếp sau một số cuộc tranh luận công khai với những người theo đạo Mani, Diocletianus ra lệnh rằng những người đứng đầu giáo phái Mani sẽ bị thiêu sống cùng với thánh kinh của họ. Trong một thánh chỉ từ Alexandria vào ngày 31 tháng 3 năm 302, ông tuyên bố rằng những tín đồ Mani giáo có địa vị thấp phải bị xử trảm, và những tín đồ Mani giáo có địa vị cao phải được bị đưa đến làm việc trong các mỏ đá của Proconnesus (Đảo Marmara, Thổ Nhĩ Kỳ) hoặc các mỏ của Phaeno ở phía Nam Palestine. Tất cả các tài sản của các tín đồ Mani giáo đều bị tịch thu và xung vào ngân khố hoàng gia[138] Diocletianus đã tìm thấy nhiều thứ mà ông cảm thấy bị xúc phạm từ đạo Mani: sự mới lạ của nó, nguồn gốc ngoại quốc của nó, cái cách mà nó làm suy đồi đạo đức của giống nòi La Mã, và sự đối lập vốn có của nó đối với truyền thống tôn giáo lâu đời [139] Đạo Mani cũng nhận được sự ủng hộ bởi người Ba Tư vào thời điểm đó

Cuộc đại bức hại

Diocletianus đã quay trở về Antioch vào mùa thu của năm 302. Ông ra lệnh cắt lưỡi vị phó tế Romanus của Caesarea vì đã bất chấp lệnh của triều đình và vì đã làm gián đoạn những nghi thức hiến tế. Romanus sau đó bị tống giam vào tù, và ở đó ông ta đã bị hành quyết vào ngày 17 tháng 11 năm 303. Diocletianus tin rằng Romanus của Caesarea là một kẻ kiêu ngạo, và ông rời bỏ thành phố để tới Nicomedia vào mùa đông, đi cùng với đó là Galerius.[140] Theo Lactantius, Diocletianus và Galerius đã tham gia vào cuộc tranh luận liên quan đến chính sách của đế quốc đối với các tín đồ Kitô giáo, trong khi trú đông tại Nicomedia vào năm 302. Diocletianus lập luận rằng việc loại bỏ các tín đồ Kitô khỏi bộ máy quan liêu và quân đội sẽ là đủ để xoa dịu các vị thần, nhưng Galerius thúc đẩy đến sự triệt tiêu. Hai người cũng đã tìm kiếm những lời khuyên của nhà tiên tri của thần Apollo tại Didyma.[141] Nhà tiên tri trả lời rằng sự bất kính trên trái đất đã cản trở khả năng của thần Apollo ban cho lời khuyên. Nhà hùng biện học Eusebius đã ghi lại rằng nhà tiên tri đã nói "Chính nghĩa trên Trái Đất..." [142] Sự bất kính này mà Diocletianus được biết từ những gì mà các triều thần bẩm báo lại, chỉ có thể ám chỉ các tín đồ Kitô giáo của đế chế.

Ngày 23 tháng 2 năm 303, Diocletianus ra lệnh rằng nhà thờ mới được xây dựng tại Nicomedia phải bị san bằng. Ông cũng ra lệnh rằng các bản kinh thánh của nó phải bị đốt cháy, và xung vào ngân khố những của cải quý báu của nó.[143] Vào ngày kế tiếp, việc "sắc lệnh chống lại các tín đồ Kitô giáo" đầu tiên của Diocletianus đã được công bố [144] Sắc lệnh này quy định rằng các bản Kinh Thánh của Kitô giáo và những nơi thờ tự trên khắp đế quốc phải bị phá hủy, và cấm các tín đồ Kitô giáo tụ tập để thờ cúng [145] Trước khi kết thúc tháng Hai, một đám cháy đã phá hủy một phần của cung điện Hoàng gia.[146] Galerius đã thuyết phục Diocletianus rằng thủ phạm là các tín đồ Kitô giáo, những kẻ đã âm mưu với các hoạn quan của cung điện. Một cuộc điều tra đã được ủy quyền, nhưng cũng không tìm ra được ai là kẻ phải chịu trách nhiệm. Những cuộc hành quyết bừa bãi đã diễn ra tiếp sau đó, và các hoạn quan trong cung điện như Dorotheus và Gorgonius đã bị xử tử. Những vụ hành quyết tiếp tục cho đến khi ít nhất là ngày 24, tháng 4 năm 303, thêm sáu cá nhân khác, bao gồm cả các giám mục Anthimus, đã bị chặt đầu.[147] Một đám cháy thứ hai khác cũng xảy ra sau đám cháy đầu tiên 16 ngày. Galerius đã rời thành phố để đến Rome, và tuyên bố rằng thành Nicomedia không còn an toàn nữa.[146] Diocletianus cũng sẽ sớm theo ông ta[147]

Mặc dù các sắc lệnh bức hại Kitô hữu tiếp tục được tiến hành, điển hình với việc bắt giữ giáo sĩ Kitô giáo và xử tử họ,[148] nhưng các sắc lệnh bức hại họ cuối cùng đều không thành công, hầu hết các Kitô hữu đều trốn thoát khỏi sự truy lùng, và dân ngoại quá nói chung không thông cảm với hành động của ông. Các vị tử đạo chết trong đau khổ đã củng cố quyết tâm của các Kitô hữu.[149] Các hoàng đế Constantius Chlorus và Maximianus đã không áp dụng các sắc lệnh thanh trừng Kitô, và do đó mà các Kitô hữu ở phương Tây không hề hấn gì.[150] Galerius cho hủy bỏ sắc lệnh trong năm 311, thông báo rằng cuộc đàn áp các Kitô hữu nhằm bắt họ cải lại tôn giáo truyền thống đã thất bại.[151]